Nowela do ustawy o VAT wprowadziła od 1 stycznia 2000 r. zmiany w zakresie rozliczania się przez Zakłady Pracy Chronionej – zmieniono w całości art. 14a ustawy z 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 11)

W wyniku tego ZPChr wpłacają różnicę między podatkiem należnym a podatkiem naliczonym na takich samych zasadach, jak pozostali podatnicy VAT. Według nowego brzmienia art. 14a ustawy prowadzący zakład pracy chronionej lub zakład aktywności zawodowej ma prawo w zakresie działalności tego zakładu do otrzymania częściowego lub całkowitego zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług.
Jednak zgodnie z art. 14a ust. 7 pkt 1 ustawy prawo do zwrotu wpłaconego podatku nie dotyczy podatników podatku akcyzowego oraz innych podatników sprzedających wyroby akcyzowe, z wyjątkiem wyrobów wymienionych w załączniku nr 6 do ustawy (poz. 8, 9, 11 i 20).
W poz. 20 załącznika nr 6 do ustawy zostały wymienione opakowania z tworzyw sztucznych, w tym również użyte do towarów w nich importowanych, a zatem opakowania te są wyrobami akcyzowymi, a na ich producencie oraz importerze ciąży obowiązek podatkowy w podatku akcyzowym.
Na podstawie delegacji zawartej w art. 37 ust. 2 pkt 2 ustawy Minister Finansów może, w drodze rozporządzenia, zwolnić niektóre wyroby od akcyzy.
Ze zwolnienia tego korzystała na podstawie § 11 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia Ministra Finansów z 16 grudnia 1998 r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz.U. Nr 157, poz. 1035 z późn.zm.) sprzedaż opakowań z tworzyw sztucznych, które były produkowane przez zakłady pracy chronionej. Zwolnienie to obowiązywało jednak do 30 czerwca 1999 r.
Następnie mocą rozporządzenia z 23 czerwca 1999 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie podatku akcyzowego (Dz.U. Nr 57, poz. 599) w wymienionym § 11 ust. 1 został skreślony pkt 3. Zwolnienie to nie znalazło się również w obowiązującym rozporządzeniu Ministra Finansów z 15 grudnia 1999 r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz.U. Nr 105, poz. 1197 ze zm.). W związku z tym od 1 lipca 1999 r. zakłady pracy chronionej, które produkują opakowania z tworzyw sztucznych, są podatnikami podatku akcyzowego.
Obowiązek podatkowy w tym podatku w przypadku pustych opakowań powstaje w momencie sprzedaży, wydania lub przekazania, natomiast gdy producent opakowań zużywa je do pakowania (rozlewania) innych wyrobów – obowiązek podatkowy w podatku akcyzowym, zgodnie z § 10 pkt 3 rozporządzenia z 15 grudnia 1999 r., powstaje na podstawie art. 6 ust. 1 i 4 ustawy, tj. z chwilą wykonania czynności zrównanych ze sprzedażą tego towaru (tzn. czynności wymienionej w art. 2 ustawy). Jeżeli sprzedaż towaru powinna być potwierdzona fakturą, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wystawienia faktury, nie później jednak niż w siódmym dniu od dnia wydania towaru.
W związku z tym prowadzący zakład pracy chronionej, który jest producentem opakowań z tworzyw sztucznych, niezależnie czy sprzedaje te opakowania, czy zużywa je do „opakowania” sprzedawanych następnie towarów – na podstawie art. 14a ust. 7 pkt 1 ustawy nie ma prawa do otrzymania częściowego lub całkowitego zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług.
Oznacza to, że jeżeli podatnik prowadzący zakład pracy chronionej kupuje opakowania z tworzyw sztucznych, np. butelki, w które rozlewa produkowane przez siebie napoje, przysługuje mu prawo do otrzymania częściowego lub całkowitego zwrotu wpłaconego podatku od towarów i usług. Natomiast jeżeli ten sam zakład, dążąc do obniżenia kosztów działalności, kupił urządzenia do produkcji tych opakowań – nie będzie miał prawa do otrzymania kwoty zwrotu, gdyż będzie podatnikiem podatku akcyzowego. Spowoduje to osiągnięcie efektu odwrotnego do zamierzonego.
Taka sytuacja może prowadzić do rezygnacji przez te podmioty z samodzielnego wytwarzania tych opakowań. Innym rozwiązaniem, które mogą wybrać ci podatnicy, będzie ich podział na dwa odrębne podmioty. Jeden, który będzie produkował i sprzedawał opakowania (podatnik podatku akcyzowego), i drugi, posiadający status zakładu pracy chronionej – sprzedający „opakowane” w nie towary (napoje). W tej sytuacji drugi podmiot będzie miał prawo do zwrotu wynikającego z art. 14a ust. 1 ustawy z 8 stycznia 1993 r. Taka sytuacja może prowadzić do „przejmowania” podatku należnego pierwszego podmiotu – podatnika podatku akcyzowego, przez podatnika posiadającego status ZPChr, np. przez świadczenie usług najmu pomieszczeń, urządzeń do produkcji lub świadczenie innych usług (usługi te będą udokumentowane fakturami VAT, w których zostanie wykazana kwota podatku). Reasumując, działania takie spowodują uzyskanie przez prowadzącego zakład pracy chronionej prawa do zwrotu części podatku należnego ciążącego na podatniku podatku akcyzowego.
Zgodnie z obowiązującym stanem prawnym Zakłady Pracy Chronionej produkujące opakowania z tworzyw sztucznych są podatnikami podatku akcyzowego, niezależnie od tego czy opakowania te służą sprzedaży, wydaniu lub przekazaniu, czy też producent zużywa je do pakowania sprzedawanego towaru (produkowane są na potrzebny własne).
Konsekwencją bycia podatnikiem podatku akcyzowego przez ZPChr jest brak prawa do otrzymania częściowego lub całkowitego zwrotu z urzędu skarbowego wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług.